Las Instituciones de Educación Superior (IES) participantes en el Programa FOMES, a través de sus titulares, conocieron el monto asignado para el ejercicio fiscal 2009 para el desarrollo de los proyectos integrales que fueron dictaminados favorablemente por los Comités de Evaluación, en apego al resultado de la evaluación integral de su Programa Integral de Fortalecimiento Institucional (PIFI) 2008-2009 y sus elementos (ProGES, ProDES o ProFOE).
La SEP otorgó los recursos del Programa FOMES atendiendo el techo presupuestal disponible y los criterios establecidos en el numeral 4.3 de las Reglas de Operación 2009.